Transformacja natury, to zaawansowana forma kontroli chakry, która znacząco wpływa na manipulację chakrą i tworzenia nowych technik. Kształt podczas transformacji zostaje zmieniony, wraz z przepływem chakry, a żywiołowy charakter chakry, zmienia także właściwości i cechy techniki. Charakter manipulacji wymaga formowania i określenia własnej, poprzez sprawdzenie natury.

Godai Seishitsu Heńka
Czyli Pięć Rodzajów Charakterów Przemiany, nazywane są również elementami oraz podstawą wszystkich żywiołowych ninjutsu.

Hi (ogień)--> Żywioł Katon

Jest on silny w stosunku do wiatru, lecz słabszy od wody. Może być użyty z Uwolnieniem Błyskawicy, aby zmienić warunki pogodowe silną techniką. Łączony jest również z Uwolnieniem wiatru aby zwiększyć siłę techniki ognia i pokonać silniejszy żywioł wody.
Żywioł ognia wykonywany jest poprzez modyfikowane podgrzanej chakry wewnątrz żołądka przed uwolnieniem jej przez płuca i usta. Pieczęć, która jest związana z naturą ognia to tygrys. Ta natura chakry jest popularna w Konoha Gakure oraz klan Uchiha ma naturalną predyspozycję to posiadania tej natury, gdyż jest ona dziedziczona z pokolenia na pokolenie.

Kaze(wiatr)--> Żywioł Fūton

Jest silny w stosunku do błyskawicy, lecz słabszy od ognia. Jest to żywioł najrzadziej występujący i najczęściej występuje u Shinobi z Suna Gakure. Często do technik wiatru wykorzystywane są dodatkowe bronie jak wachlarz czy specjalne miecze. Jeżeli shinobi urodził się z taką naturą chakry, to jego techniki tego żywiołu są potężniejsze od tych, którzy ową naturę nabyli.

Kaminari(błyskawica)--> Żywioł Raiton

Jest silny w stosunku do ziemi, lecz słaby przed wiatrem. Ma również specjalne połączenie z wodą, gdyż przewodzi ona elektryczność przez co zwiększa to obrażenia zadawane przez błyskawicę.
Żywioł Raiton powstaje poprzez wysoką częstotliwość wibracji czakry co tworzy błyskawicę. Żywioł pozwala sparaliżować wroga, więc użytkownik może szybko i łatwo go wykończyć. Uwolnienie Błyskawicy to tradycyjna natura chakry dla Kumogakure.

Tsuchi(ziemia)--> Żywioł Doton

Jest silny w stosunku do wody, lecz słaby do błyskawicy. Techniki tego żywiołu służą do manipulacji gruntem (ziemia może stać się twarda jak metal lub błotnista). Pozwala również użytkownikowi na podróżowanie pod ziemią i między skałami co jest istotne zarówno dla transportu lub też prowadzenia ataków i tworzenia defensywny albo ofensywy. Sprawia to, że techniki tego żywiołu są najbardziej wszechstronne ze wszystkich żywiołów. Istniejąca wcześniej ziemia nie jest potrzebna, gdyż użytkownik może tworzyć ją z własnej chakry. Ta natura chakry najczęściej występuje u shinobi z Iwa Gakure, a pieczęć ściśle związana z tym żywiołem to wąż lub/i dotkniecie dłonią gruntu.

Mizu(woda)--> Żywioł Suiton

Jest silniejszy od ognia i słabszy od ziemi. Żywioł ten najczęściej jest spotykany u shinobi z Kiri gakure. Techniki tego żywiołu pozwalają tworzyć wodne więzienia, pociski, rekiny czy smoki które atakują wroga. W dodatku nawet gdy nie ma w pobliżu wody, to shinobi możne użyć techniki która zaleje teren wodą. Jednak istnieją tacy mistrzowie żywiołów, którzy nie potrzebują wody do wykonywania technik..

W zasadzie oznacza to, że jeśli zostanie wprowadzone jutsu żywiołów przeciw elementarnemu jutsu na tym samym poziomie, ale silniejszym charakterze, to jutsu z silniejszą naturą zwycięży. Jednak słabe jutsu, które posiada silniejszą naturę, od drugiej, potężniejszej techniki może zostać pokonane.

Odkrywanie natury
Jeżeli shinobi chce się dowiedzieć jaką naturę chakry posiada, musi użyć specjalnego papieru z drzewa, które było karmione chakrą, przez co reaguje w zależności od natury shinobi. Aby sprawdzić swoją naturę chakry, trzeba wziąć kartkę pomiędzy palce i przesłać małą ilość chakry na kartkę a ta zareaguje odpowiednio:
Ogień - papier zapali się i spopieli
Wiatr - kartka rozdzieli się na połowę
Błyskawica - papier zmarszczy się
Ziemia - papier wypełni brud i skruszy się
Woda - będzie mokra/wilgotna

Zaawansowane typy
Oprócz podstawowych 5 natur chakry, niektórzy shinobi, klany są w stanie łączyć żywioły. Poprzez zmieszanie dwóch podstawowych typów, użytkownik wytwarza nowy żywioł o unikalnych właściwościach jednocześnie będącym słabych na dwa naturalne elementy ze względu na jego pochodzenie. Aby wykonać coś takiego, potrzebne są niezwykłe umiejętności i zdolności, które spotykane są jako Kekkei Genkai.

Kōri(lód) -jest to Kekkei Genkai klanu Yuki. Lód jest połączeniem żywiołów wiatru i wody( żywioł Hyōton) Jest wrażliwy przeciwko elementowi ognia. Jednakże, niektórzy shinobi również posiadają tą naturę, bez przynależności do klanu Yuki, jednakże nie mogą wykonywać ich klanów techniki mimo tej samej natury chakry.
Ki(drewno)-jest to Kekkei Genkai klanu Senju. Jednak nie każdy pochodzący z klanu Senju, może korzystać z żywiołu drewna (Mokuton). Żywioł ten powstaje poprzez połączenie wody i ziemi.
Kesshō(kryształ)-jest to Kekkei Genkai klanu Kurisutaru który umożliwia im wykonywanie technik żywiołu kryształu (Shōton). Powstaje w wyniku połączenia ziemi i ognia.
Futtōn(kwasowa mgła)-jest to powstały przez połączenie ognia i wody, co tworzy kwasową mgłę (Futton)
Yōgan(lawa)-używana przez cztero-ogoniastego demona i niektórych shinobi. Żywioł powstaje przez połączenie ognia i ziemi co tworzy element lawy (Yōton) Niektórzy są w stanie opanować element lawy i kwasową mgłę.
Chiri(pył)-powstaje w wyniku połączenia ziemi, ognia i wiatru co pozwala używać technik elementu pyłu(Jinton). Mało osób jest w stanie opanować ten żywioł.