Zleceniodawcą każdej misji jest Kage. Jednak w nagłych przypadkach może to być każdy jōnin itd.
Misje są podzielone na odpowiednie stopnie trudności. Wraz z wyższą rangą i wzrostem umiejętności, shinobi może wykonywać coraz trudniejsze misje. Nagrodą za dobrze wykonaną misję są pieniądze, oraz łupy zdobyte w trakcie walki (np. broń pokonanego przeciwnika).

Ranga D
Są one wykonywane przez geninów, którzy określają je mianem "czarnej roboty". Na tych misjach nie ma zagrożenia życia, chyba że zamiast chwastów, wyrwie się roślinki które pani hodowała, podczas sprzątania rzeki się potknie i spada się z wodospadu, lub weźmie się zbyt dużego psa i zaprowadzi genina na pole minowe, oraz szalony, poszukiwany kot może wysunąć pazury i podrapać.
Wynagrodzenie : Do 300 Ryo od osoby + w przypadku dobrych postów ewentualny bonus od MG w postaci ekwipunku.

Ranga C
Są wykonywane przez geninów i chūninów. Polegają na ochronie mało ważnych osób, lub przekazywanie mało istotnych dokumentów. Ryzyko walki z wrogimi ninja jest tutaj znikome, a jeżeli się pojawia to nie są oni za specjalnie silni.
Wynagrodzenie : Do 500 Ryo od osoby + w przypadku dobrych postów ewentualny bonus od MG w postaci ekwipunku.

Ranga B
Zadanie te są wykonywane przez doświadczonych chūninów i jōninów. W tych zadaniach walka z wrogimi shinobi na śmierć i życie jest pewna. Dodatkowo istnieje ryzyko, ze w każdej chwili może się zmienić na misję kategorii A.
Wynagrodzenie : Do 1000 Ryo od osoby + w przypadku dobrych postów ewentualny bonus od MG w postaci ekwipunku.

Ranga A
Zadania wykonywane tylko przez jōnininów . Typową misją rangi A jest np. ochrona ważnych osobistości. Tutaj pojawiają się silni wrodzy shinobi, którzy będą chcieli odebrać eskortowanej osobie życie. Dlatego walki są ciężkie i nie koniecznie jōnin może z niej wrócić cało.
Wynagrodzenie : Do 2000 Ryo od osoby + w przypadku dobrych postów ewentualny bonus od MG w postaci ekwipunku.

Ranga S
Misje te wykonują Kage, doświadczeni jōninowie oraz shinobi klasy S(sannini). Są to bardzo trudne zadania, w których może dojść do walki między organizacjami i wioskami.
Wynagrodzenie : Wynagrodzenie zależne jest wyłącznie od wizji MG oraz tego, czego dotyczyła misja jak na przykład zdobycie jakiegoś zwoju itp.