Jap. Chakura. Jest niezbędna do wykonywania nawet najbardziej podstawowych technik. Chakra powstaje poprzez połączenie shintai enerugī(fizycznej energii) i seishin enerugī (duchowej energii) . Kiedy zostanie uformowana, może zostać skierowana, układem krążenia chakry, który jest dla chakry tym, czym dla krwi jest układ krwionośny, do dowolnego z punktów wyzwalania chakry (zwanych tenketsu; jest ich 361). Jest manipulowana za pomocą wykonywanych różnych pieczęci i przeróżnych gestów, aby wykonać technikę. Gdy poziom chakry spadnie do zera, mogą wystąpić skutki uboczne w kształcie śpiączki lub nawet śmierci.
Aby nauczyć się niektórych technik, które wymagają umiejętności wirowania, kierowania chakrą (np. rasengan), trzeba wiedzieć w którą strone porusza się chakra. Może być ona prawo skrętna lub lewo skrętna, aby się tego dowiedzieć trzeba zobaczyć w którą stronę zakręcają się włosy na głowie.

Normalna Chakra
Jest chakrą występująca u wszystkich osób żyjących. Chakra przepływa wokół całego ciała, w sieci zwanej "układem krążenia chakry" (podobny do układu sercowo-naczyniowego). Nie jest ona jednak widoczna dla oka, chyba że zostanie wydana w bardzo dużej ilości (m.in. otwarcie bram, lub chakra bestii). Może być widoczna przez wykonywanie specjalnych technik typu Rasengan, Chidori, Raikiri. Taijutsu jest jedyną formą walki, która nie wymaga chakry (z nielicznymi wyjątkami).
Ważną cząstką chakry, jest wspomniana już wcześniej seishin enerugī . Zwiększyć jej siłę, można poprzez medytację, badania i doświadczenia. Dlatego im częsciej shinobi będzie używał dane jutsu, będzie powiększał swoje doświadczenie, a tym samym umacniał energię duchową. Niemniej ważną jest shintai enerugī którą można zwiększyć przez ćwiczenia, szkolenia. Poprzez zwiększenie obydwu energii, zwiększa się poziom chakry.

Kontrola Chakry
Chakra wymaga dużej ilości czasu i treningu, aby nad nią kompletnie zapanować. Aby uformować chakrę, potrzeba wyodrębnić energię zarówno z komórek ciała i umysłu, a potem wymieszać je. Ilość zużytej energii, zależy od jutsu które shinobi chce wykonać. ,ninja może zużyć zbyt dużo lub za mało chakry do danego jutsu, a chakra nie będzie już wtedy skutecznie wykorzystana. Dodatkowo jeżeli shinobi nie potrafi skumulować odpowiedniej ilości energii i i nie jest w stanie odpowiednio manipulować chakrą, technika nie zadziała lub nie tak jak powinna. Zmarnowanie chakry powoduje zbyt szybkie zmęczenie się, co zdecydowanie utrudnia walkę. Ogólne pojęcie o dokładnym i prawidłowym formowaniu oraz manipulacją chakry mają zazwyczaj medyczni ninja, których praca wymaga dużej kontroli nad chakrą. Pozostali shinobi, trenują ją poprzez chodzenie po drzewach, po wodzie.

Chakra Senjutsu
Chakra Senjutsu jest nietypową chakrą, pobieraną z energii przyrody. To potężne źródło energii, jest w stanie zwiększyć siłę, szybkość wytrzymałość, oraz siłę taijutsu, ninjutsu i genjutsu. Chakra ta to połączenie energii fizycznej i psychicznej z energią natury pochodzącej z ziemi, powietrza, terenu. Gdy zostanie zebrana jej wystarczająca ilość, shinobi wchodzi w tryb mędrca. Aby zebrać taką chakrę, trzeba zostać nieruchomo aby nie zakłócać przepływu natury. Dodatkowo, jeżeli zostanie zebranej zbyt dużo energii, to shinobi zamieni się w kamienny posąg żaby/węża. Istnieje możliwość porozumienia się z dwiema żabami, które nazywają się Ma i Pa, wtenczas to one pobierają energię z otoczenia umożliwiając użytkownikowi Senjutsu walkę.
Jak na razie istnieją dwa typy Senjutsu:
~Żab
~Węży.

Chakra ogoniastych bestii
Ta chakra, pochodzi od jednego z dziewięciu demonów. Aby je kontrolować, postanowiono je zapieczętować w człowieku, czyniąc z niego nosiciela demona czyli jinchuuriki. Może on dopasować chakrę demona do swoich potrzeb, przez co chwilowo jest zwiększona jego moc. Taka chakra, objawia się najczęściej przy silnych emocjach nosiciela, np. gdy ogarnia go wściekłość i żądza mordu. Często jinchuuriki traci panowanie nad sobą, a im większa ilość ogon, tym większe ryzyko. Wtedy jinchuuriki nie rozpoznaje już kto jest wrogiem, a kto sojusznikiem i atakuje każdego kto mu się nawinie pod rękę. Często jest to szkodliwe dla jinchuurikiego, gdyż takie formy skracają mu życie. Kiedy osoba potrafi kontrolować swoją bestię, ma całkowitą kontrolę nad sobą i może wykorzystywać chakrę bestii kiedy i ile tylko chce, rzecz jasna transformując się.